1958年9月，一初中在原有基礎(chǔ)上增設(shè)高中部，招收兩班高一新生，學(xué)校也更名為南通市第三中學(xué)，成為南通市區(qū)的第四所完全中學(xué)。潘楚善任黨支部書記兼副校長。全校23個班級，在校學(xué)生數(shù)為1345人。學(xué)生來源于市區(qū)及南通縣。因為校舍緊缺，縣區(qū)學(xué)生仍借住在校外。

市三中從初中發(fā)展成完中，經(jīng)過了一段艱苦奮斗的歷程。1959年，招收高一新生四個班，學(xué)生數(shù)激增，教室不夠用，圖書館和實驗室只得暫時搬到大飯?zhí)?，讓出房屋做課堂。有些班級在破房里上課，雨天漏水，師生仍然堅持上課。學(xué)校將原平房教室改建成二層樓房教室，因經(jīng)費緊張，師生自覺拾掇磚瓦，輪流參加基建勞動。家住農(nóng)村的學(xué)生有幾百人，全都寄宿在校，宿舍不夠，一部分借住延壽庵、望江樓、民房三處，生活指導(dǎo)老師對分住各處的同學(xué)細心關(guān)照，嚴格管理。學(xué)校領(lǐng)導(dǎo)和行政人員晚上也要到校值班。當時教學(xué)設(shè)備差，老師還自己動手土法上馬制作了四百多件教具，并且先后辦起了小型作坊式的織布廠、造紙廠等作為勞動基地，組織各班學(xué)生輪流下廠勞動。師生們還在飼養(yǎng)場里養(yǎng)雞、養(yǎng)豬、養(yǎng)兔，課余開展編制熱水瓶竹殼、做簸箕、辦土窯燒磚等勤工儉學(xué)活動。每年組織學(xué)生去郊區(qū)農(nóng)業(yè)生產(chǎn)隊參加夏季的“雙搶”和秋收秋種。同學(xué)們自帶行李，整隊步行到支農(nóng)地點，以班級為單位，集體住宿，自辦伙食。在田里運麥捆、拾麥穗；運稻捆、拾稻穗、摘棉花；上場脫粒、值夜看場……各班之間開展團結(jié)互助，勞動競賽，組織訪貧問苦、扶助孤寡活動，組織小記者寫通訊報導(dǎo)，反映勞動動態(tài)，表揚好人好事，在學(xué)校的農(nóng)忙小報上及時登載。以此培養(yǎng)學(xué)生熱愛勞動、熱愛勞動人民、勤儉節(jié)約、不畏艱苦的精神。1961年5月，國家號召知識青年支農(nóng)，當時學(xué)校領(lǐng)導(dǎo)對初三畢業(yè)生作了動員，同學(xué)們熱烈響應(yīng)，踴躍報名，有18位同學(xué)被批準作為首批支農(nóng)學(xué)生，下鄉(xiāng)實踐鍛煉，他們先后成長為農(nóng)村工作干部。

艱苦環(huán)境鍛煉了師生，提高了師生的思想覺悟，又有盛金心等同志光榮入黨，朱光漢、盧光宇、魏永明、保蘊玉、薛際斌等老師由于工作積極，成績顯著，先后于1959年和1960年出席南通市先進生產(chǎn)者、先進工作者代表會和南通市文教群英會。1961年，孫德一調(diào)任五初中書記兼校長，陳家如接任團委書記，團的工作搞得生氣蓬勃。1963年下半年，全校開展學(xué)習雷鋒活動，師生中被學(xué)校提名表揚的就有172人次；當時校園內(nèi)桃樹喜結(jié)果實，沒有一人私自摘取，學(xué)校的優(yōu)良風氣可見一斑。

這一時期，學(xué)校非常重視學(xué)生的思想品德教育，適時邀請市委宣傳部長、教育局領(lǐng)導(dǎo)以及英模人物來校做形勢報告，請專家學(xué)者來校作專題講座，激發(fā)學(xué)生為報效國家、服務(wù)社會而勤奮學(xué)習的熱情，樹立“力爭第一流，攀登最高峰”“時刻聽從祖國召喚”的志向，樹立正確的人生觀、世界觀，努力做德、智、體全面發(fā)展的接班人。

這一時期，學(xué)校逐步形成了一支責任心強、業(yè)務(wù)水平高、敬業(yè)盡職，對學(xué)生充滿愛心的教師隊伍。他們勤勉工作、教書育人。對有特長的學(xué)生，打破常規(guī)，創(chuàng)設(shè)寬松的學(xué)習環(huán)境，助其成長，受到學(xué)生由衷地喜愛和尊崇。學(xué)校教育和教學(xué)質(zhì)量都比較高，為高一級學(xué)校和社會輸送了一批有用之才。1961年，三中首屆高中畢業(yè)生98人中，當年考入高等學(xué)校的就有24人，其中保育鈞和張芳桐同時考入中國人民大學(xué)新聞系，保育鈞曾任《人民日報》副總編，張芳桐任解放軍《政工導(dǎo)刊》主編；丁兆祥考入哈爾濱軍事工程學(xué)院，成為軍工高級技術(shù)人才，任中國運載火箭技術(shù)研究院飛行器研究所高級工程師、研究員；趙德培為中國科學(xué)院蔬菜研究所副研究員；62屆高中畢業(yè)生吳怡祖考入華東化工學(xué)院后又進西柏林工業(yè)大學(xué)深造，獲德國化學(xué)博士學(xué)位；62屆高中畢業(yè)生王湛當年考入南京師范學(xué)院中文系，“文革”后山東大學(xué)研究生畢業(yè)，獲文學(xué)碩士學(xué)位，曾任國家教育部副部長、江蘇省副省長等職；63屆高中畢業(yè)生王維賢，在校時就是受團省委表彰的優(yōu)秀團員，畢業(yè)后考入中國人民大學(xué)，后任河北省商業(yè)廳副廳長。還有更多的高、初中畢業(yè)生，在工農(nóng)業(yè)生產(chǎn)崗位上盡心盡力作出貢獻。

市三中一向重視體育運動，學(xué)校不僅狠抓對師生的體育常規(guī)教學(xué)，而且也進行專項訓(xùn)練，既重視普及，也重視提高。全市性的中學(xué)生足球比賽自1959年至1965年，三中年年都是冠軍。1964年，三中少年足球隊代表南通市參加全省十二個縣市比賽獲第6名，老中青教師參加全市教工運動會和廣播操比賽也取得好成績。

市三中的民兵工作也具有特色。為加強愛國主義和軍事技術(shù)教育，經(jīng)常開展軍事訓(xùn)練。這個時期先后三次獲得市“五四”青年射手流動紅旗。射擊和航模，在省市和全國比賽中都取得好成績。民兵中有七人達到國家三級運動員標準。由于民兵三落實工作搞得好，國防體育有特色，市三中被評為江蘇省國防體育紅旗先進單位。1964年國慶節(jié)，《南通日報》在“光輝的十五年”專題中以《我們都是兵》為題作了詳細介紹。

在文娛、美術(shù)等方面市三中也取得相當好的成績。65年元旦，學(xué)生排練的“夜間演習”大型舞蹈獲南通市群眾文藝會演優(yōu)秀創(chuàng)作獎和優(yōu)秀演出獎；同年，民兵宣傳隊二十名師生帶著20多個節(jié)目赴如皋、海安、如東演出，慰問下鄉(xiāng)務(wù)農(nóng)的校友，觀眾達6000余人次，盛況空前，被人們稱為“烏蘭牧騎”式的隊伍；63屆初中畢業(yè)生沈啟鵬的繪畫作品《飼豬圖》曾到日本展覽。

58年后，學(xué)校的勤工儉學(xué)活動掀起新的高潮，校辦織布廠的機器增加到32臺，另有兩臺毛巾織機；還辦起了玻璃制品加工廠等。學(xué)校更加重視學(xué)生的實際鍛煉，經(jīng)常組織師生下鄉(xiāng)下廠參加勞動，學(xué)習工農(nóng)，得到好評。

1961年，學(xué)校班級數(shù)達到38個，隨著學(xué)生數(shù)的增加，教學(xué)設(shè)備相應(yīng)增加，校舍建筑面積達到6590平方米，圖書由原來的2000冊增至14553冊，理化儀器、史地掛圖也增加不少。教師在教學(xué)中積累了不少經(jīng)驗，全市的自然學(xué)科教研活動以三中為中心，兄弟學(xué)校的同行經(jīng)常集中于三中備課，聽課，觀摩教學(xué)，探討教法，在市區(qū)自然學(xué)科教學(xué)中，起了一定的示范作用。

潘楚善為市三中首任黨支部書記兼副校長，后來費朝一、李相同志相繼擔任學(xué)校黨支部書記，陸建、朱紹楠擔任正副校長。汪家珍任教導(dǎo)主任，鮑永祿任總務(wù)主任。

這一時期學(xué)校全面貫徹黨的教育方針，制定了一系列教育和教學(xué)管理章程，積累了一些辦學(xué)經(jīng)驗，使一所解放后由人民政府自己創(chuàng)辦的完中充滿生機和活力。