1966年到1976年是“文化大革命”動亂的十年，也是學校遭受磨難的十年。

“文革”開始后，很多老師被打入“勞改隊”，辦公室被砸，學桌凳及教學儀器、圖書的損失慘重。1967年開始，軍宣隊、工宣隊先后進駐學?！邦I導一切”，教師作為“臭老九”，處在被批判被改造的地位，欲教不能，欲罷不忍。這段時間內，全校106個教工中，被批斗關押審查的有23人，自殺1人（物理老師薛際斌），被一般審查的達40余人，教師的身心受到嚴重摧殘。所謂“復課鬧革命”后，學校實行軍事化管理，班級為“排”，年級為“連”、“營”，學校行政管理機構為“團”，初中和高中的學制均由三年改為二年。文革前的課程設置和各科教材，作為“17年教育黑線”的產(chǎn)物，均被廢棄。政治課和語文課以毛選、毛主席詩詞和《毛主席語錄》為主要教材，輔之以“兩報一刊”（《人民日報》、《解放軍報》、《紅旗》雜志）的社論、評論員文章和時政信息，緊跟形勢，對“封、資、修”進行“大批判”，請老工人、老貧農作“憶苦思甜”報告，吃“憶苦飯”，強化對階級剝削、階級壓迫的批判。停止外語教學。其他各科都以“階級斗爭為綱”，以“與工農相結合”為原則重組：數(shù)學教材打亂原有知識結構，結合工農業(yè)生產(chǎn)進行改編；將理、化、生三科重組為“工業(yè)基礎知識”、“農業(yè)基礎知識”，例如：學手扶拖拉機的構造和使用，學稻、麥、棉的種植技術，等等；體育課進行隊列操練，學習射擊、刺殺技術；美術課學畫政治宣傳畫，學寫美術字，為“大批判專欄”和書寫宣傳標語服務；音樂課學唱“語錄歌”和“樣板戲”，組織“毛澤東思想文藝宣傳隊”，擇時到街頭、工廠、農村演出。為了適應以上“教學”需要，借調一些工人到校進入課堂，擔當起“工人教師”的角色。在“開門辦學”的口號下，每學期要有三分之二時間開展“學工”、“學農”、“學軍”，教學秩序混亂，學生課業(yè)荒廢。

1968年—1969年，66、67、68屆高、初中畢業(yè)生（俗稱“老三屆”）被分批安排“插隊”、“插場”，下鄉(xiāng)務農，“接受貧下中農再教育”。

1971年，學校奉命大搞“深挖”運動，教師中被封閉式關押的所謂“五一六”分子（莫須有的“反革命”罪名）就有6人，面上受審查的達50余人。老師們又一次陷入災難之中。

1974年鄧小平同志主持工作著手整頓，即后來“四人幫”稱之“修正主義教育路線回潮”之時，三中的老師們得以重登講臺，他們滿腔熱情給耽誤已久的學生傳授文化科學知識，積極進行教學研究和考試改革。同學們也刻苦、勤奮，學得不少文化知識。這個時期從高中畢業(yè)的周川、施忠民、徐坦、曹虹等人在恢復高考后，先后考取大學，有的繼續(xù)深造攻讀碩士、博士學位，出國留學后成了高級科技人員。大多數(shù)人成為各行各業(yè)的普通勞動者。其中自學成才、成為基層領導、骨干的不乏其人。也有畢業(yè)生光榮入伍，保衛(wèi)國防，陳俊濤、王志華等校友，在執(zhí)行軍務中，獻出了年輕生命，成為烈士。

1975年，為貫徹教育與生產(chǎn)勞動相結合的方針，學校還辦了兩個半工半讀和半農半讀班。學生們分別在有關工廠和校園內的12畝農田間實習勞動，學校教育和社會教育相結合，取得一定成績。

1976年在原東方紅公社聯(lián)合大隊建成學農分校，每期可容納四個班學生勞動、學習和食宿。1980年學農分校撤銷，校舍移交給所在的生產(chǎn)大隊。

學校勤工儉學開始于1958年，1976年有新的突破，唐漢成首任校辦廠廠長，辦起了南通市無線電元件十六廠，生產(chǎn)射流元件、三級管加共線路板、K型旋鈕及電器包裝用品泡沫。為三中校園經(jīng)濟的振興做出較大貢獻。

這一時期，大部分時間是工宣隊主政。1967年7月，南通磷肥廠的工宣隊進駐，以后幾年，先后換派南通大生三廠、南通藥械廠、南通市色織三廠的工宣隊來校接管。運動之初，原有校領導陸建、李相被批斗靠邊，后又結合進領導班子，1970年以后，先后還有王興祥、沈秀英、姚蘭英、虞萬盛、陳全等擔任校級領導。