“文革”以后，學校黨政領(lǐng)導，首先進行了思想政治上的撥亂反正。同時，對教工在“文革”前的所謂政治歷史問題，和“文革”中的現(xiàn)實表現(xiàn)進行了復查，實事求是地作出結(jié)論，盡可能地清退了“文革”期間的查抄物資，認真落實知識分子政策，從而激發(fā)了廣大教師的政治熱情和工作積極性。這期間共有十四位教工被批準入黨。與此同時，民盟、民進和致公三個民主黨派組織也相繼成立或恢復活動。教代會順利召開，工會、學生會、少先隊等群團組織相繼恢復活動。工會主席張華，學生會主席朱曉暉，少先隊大隊輔導員張萍，團委書記王偉，在學校黨支部的領(lǐng)導下，共商學校大事。

為了適應教育和教學工作的新形勢，學校采取了“培訓、引進、改行”六字方針，調(diào)整充實了教師隊伍，并建立了教職工崗位責任制、學籍管理制度及師生的考核制度，明確提出了“嚴謹執(zhí)教、為人師表、尊師守紀、求實創(chuàng)新”的校風建設(shè)要求。

80年代初某些外來思潮對青少年的思想產(chǎn)生消極影響，學校在城東派出所和村委會的配合下，整治了周邊治安環(huán)境，排除了校外不良青年對學校的滋擾，整頓了校風校紀，維護了教學秩序，在此基礎(chǔ)上學校以《中學生守則》和《師德標準》為中心內(nèi)容，廣泛開展“學雷鋒、樹新風、創(chuàng)三好”和“五講、四美、三熱愛”活動，進行社會主義精神文明建設(shè)；教學上，面對三中生源的實際，“以綱為綱，以本為本”“查漏補缺，因才施教”，加強了基礎(chǔ)知識的傳授和基本技能的訓練，教學實效明顯提高。

三中重視培養(yǎng)學生的興趣愛好，發(fā)展各自特長，廣泛開展了課外興趣小組活動。1978年以來，學校在全國和省市學科知識性比賽中多次取得好成績。高中部瞿劍在江蘇省語文知識競賽中獲三等獎；1981年，高中部邱志強在江蘇省和全國中學生數(shù)學競賽中分別獲二等獎和優(yōu)勝獎，1985年初中部的張唯峰參加全國首屆硬筆書法比賽，作品入選；還有不少初、高中同學在本市舉辦的地理、歷史、語文、英語、化學等科目的知識競賽及少兒畫展中多次獲獎。

這一時期，市三中為高一級學校輸送了一批優(yōu)質(zhì)生源，79屆高中畢業(yè)生瞿劍以全市高考（文科）第一名的成績進入北大歷史系學習，隨后又在北大歷史系研究生院畢業(yè)；77屆程書劍，盧春華，高夕林，81屆陳佳平、邱志強、卜秉心等不少同學大學畢業(yè)后考取了研究生院，有的出國深造，卜秉心還獲得了國務院頒發(fā)的國家重大成果獎。這一時期學校還為空軍部隊輸送8名飛行學員，居全市中學之首，多次受到上級表揚，并獲得“招飛工作先進單位”光榮稱號。還有多名畢業(yè)生光榮參軍，吳建同學在對越自衛(wèi)反擊戰(zhàn)中英勇犧牲。多數(shù)畢業(yè)生在工廠、鄉(xiāng)鎮(zhèn)從事普通工作，他們心靈手巧，作出了自己的一份貢獻。78屆校友陳漢祥離校后分在鐘秀鄉(xiāng)的棉織十四廠擔任供銷員，由于工作積極成績顯著，91年被評為南通市工交供銷先進工作者；81屆校友李意是通棉二廠普通女工，由于鉆研技術(shù)、銳意進取，先后獲市先進標兵、“三八”紅旗手、江蘇省“新長征突擊手”稱號，并曾出國傳授技術(shù)。

三中在教育教學改革上取得了可喜的成績。中年教師李平，青年英語教師李美勤，多次對市區(qū)上公開課，介紹教學經(jīng)驗。李平老師生前是市中語會理事，在省級雜志上發(fā)表了《談比較法教學》等論文。李美勤老師于1982年被評為南通市優(yōu)秀教師。史地學科姜月梅老師于79年受市教研室之邀參加編寫《中學歷史表解》，姜月梅、張云霞還應邀參加編寫《中學歷史活頁》，這二本書分別于81年、82年出版。數(shù)學學科徐樹森同志寫的《復數(shù)的幾何運用》刊在1981年《江蘇教育》12期上。孫模、杜珍玉、張華、徐沖等同志由于工作勤奮，成績顯著，曾出席南通市學校先進工作者代表會議。

三中的文體活動很活躍，在市以上的田徑、球類比賽中，取得了許多成績。1980年市“三好杯”籃球賽，初、高中女籃均獲冠軍；1981年市36屆中學生田徑運動會，少甲組獲團體總分第一名；1982年，37屆運動會上，高、初中組分別獲團體總分第一、二名。

自1980年起，學校根據(jù)總體規(guī)劃調(diào)整了校園布局，關(guān)閉了西邊的老校門，在校園正中開辟了南北長200米，寬7米的中心大 道，澆制了水泥路面，于大道南北兩端新砌了南北校門和傳達室。南門造橋，征地筑路，連通校外機動車道，結(jié)束了建校以來汽車不能進校的歷史。在南北中心道百米處，修筑了貫通東西的大道，整個校園劃為四個區(qū)域：東南是園林區(qū)，西南是運動區(qū)，西北是教學區(qū)，東北是辦公區(qū)和教學實驗區(qū)。在市局支持關(guān)懷下，因地制宜，將原8個平房教室翻建了一幢三層18個教室的教學大樓（后冠名“博學樓”，樓名由校友保育鈞題寫，至今仍在使用），基本上更新了36個班的學桌凳，在操場上修建了煤渣跑道，學校四周砌了圍墻，鋪設(shè)了下水管道，更換了自來水管，解決了長期飲水難的問題；學校狠抓綠化，建造了百花園、天竹園、月季園、桂花園，在南北大道兩側(cè)建造了36個以雪松為主體，廣玉蘭為陪襯，月季等花卉為點綴的花壇，使校園四季常青，花香撲鼻，環(huán)境幽雅。1978-1986年市三中先后被評為區(qū)、局、市愛衛(wèi)、計劃生育、財務、文檔、綜合治理、校園綠化、民調(diào)、精神文明等先進單位。

校園經(jīng)濟也得到迅速發(fā)展，元件十六廠年利潤萬余元，改善了辦學和生活條件。

這個時期學校先后由校長樊伯平、書記江子楊及薛長春、管懷印、張建中、張惠民等組成領(lǐng)導班子。