八十年代末，國(guó)家經(jīng)濟(jì)快速發(fā)展，社會(huì)變革日益深化，教育事業(yè)迎來(lái)了大調(diào)整、大變動(dòng)、大發(fā)展的時(shí)期。市三中經(jīng)歷了力度很大的教育改革，在曲折中獲得了新的發(fā)展。                     

順勢(shì)應(yīng)變，兼辦職教。八十年代中、后期，我國(guó)中等職業(yè)教育迅猛發(fā)展，很快占據(jù)了高中階段教育的半壁江山。一般普通高中的生源分流，規(guī)模萎縮。南通市區(qū)的8所完中就有5所學(xué)校的普高不能完成招生計(jì)劃。市三中的高中招生實(shí)數(shù)也僅達(dá)計(jì)劃指標(biāo)的40%左右。市區(qū)多所普通中學(xué)應(yīng)變附設(shè)了職業(yè)高中班。92年10月，市三中與南京大學(xué)成人教育學(xué)院聯(lián)辦經(jīng)貿(mào)大專班（學(xué)生47人），與南京理工大學(xué)社會(huì)科學(xué)院聯(lián)辦營(yíng)銷大專班（學(xué)生40人）。94年這兩班學(xué)生順利畢業(yè)。（后因高校擴(kuò)招，未再續(xù)辦）93年秋，市三中又辦起了財(cái)貿(mào)、市場(chǎng)營(yíng)銷兩個(gè)專業(yè)的職業(yè)中專班。以后每年招收2~4個(gè)班，學(xué)生100—200人，專業(yè)也有變動(dòng)和拓展。高中段形成了普高和職業(yè)中專兩部。以上舉措，使市三中在艱難中獲得了生機(jī)。

   “二一分段，高三分流”。隨著我國(guó)現(xiàn)代化的推進(jìn)和全球經(jīng)濟(jì)一體化的臨近，人們認(rèn)識(shí)到高等教育對(duì)人生的重要意義。重點(diǎn)高中的優(yōu)勢(shì)進(jìn)一步拉高，不但可在考生中擇優(yōu)錄取，而且不斷擴(kuò)大“擇校生”名額，把學(xué)力較好的生源從一般完中吸引過去。另一方面，一些重點(diǎn)職業(yè)學(xué)校通過規(guī)?；?、集約化，提高了辦學(xué)檔次，形成了中等職業(yè)教育中心，吸引了大部分職高生源。這樣，市三中處在重點(diǎn)高中和重點(diǎn)職高的雙重夾擊下，生源每況愈下。高一新生錄取起分線比重點(diǎn)高中低一百多分，已錄取在冊(cè)的考生中，較高分?jǐn)?shù)段的學(xué)生，大多又“擇?！倍ィ窝a(bǔ)進(jìn)的學(xué)生，分?jǐn)?shù)更低。

面對(duì)這樣的生源，1992年，市三中開始了“二一分段，高三分流”的局部改革即高二學(xué)生在基本完成高中各科的學(xué)習(xí)后，顯示一定學(xué)力，愿在高考中一搏的，編入高復(fù)班；其他經(jīng)預(yù)考后無(wú)高考資格或無(wú)高考愿望的學(xué)生，編入高三職訓(xùn)班，一方面讓他們?cè)谖幕蠣?zhēng)取達(dá)到高中畢業(yè)的合格標(biāo)準(zhǔn)，另一方面安排他們學(xué)習(xí)一門職業(yè)技能，為畢業(yè)后的就業(yè)打下初步基礎(chǔ)。

這一措施適應(yīng)了部分學(xué)生的需求，得到不少家長(zhǎng)的支持。1992~~1996年，“二一分段，高三分流”的學(xué)生有324人取得了雙證(高中畢業(yè)證書+專業(yè)技術(shù)等級(jí)證書)，約占高中畢業(yè)生的40%。（1997年起，國(guó)家對(duì)學(xué)生取得專業(yè)技術(shù)等級(jí)證書有新的規(guī)定，以后的數(shù)據(jù)不再統(tǒng)計(jì)）。1996~~2000年普高畢業(yè)生591人中，有298人錄取各類高校。

93屆高三分流的通訊話務(wù)班12名女生，畢業(yè)后被南通軍分區(qū)八一尋呼臺(tái)招聘，成為該臺(tái)業(yè)務(wù)骨干，由于工作成績(jī)顯著， 1995年受到解放軍總參謀部通令嘉獎(jiǎng)。

藝體特色 優(yōu)化放大。市三中將分散于普高各班的有藝體特長(zhǎng)和愛好的學(xué)生，集中編班。按照藝體院校招生的要求，調(diào)整課程計(jì)劃：文化基礎(chǔ)課合班上課，教材適當(dāng)精簡(jiǎn)，實(shí)行任課教師負(fù)責(zé)制，力求學(xué)生的文化課成績(jī)達(dá)到藝體類高校錄取分?jǐn)?shù)線;專業(yè)訓(xùn)練課分音樂、美術(shù)、體育三大組教學(xué)，適當(dāng)增加課時(shí)量，采取教練（導(dǎo)師）負(fù)責(zé)制，根據(jù)專業(yè)訓(xùn)練的特點(diǎn)和需要，安排教學(xué)和訓(xùn)練計(jì)劃。力爭(zhēng)所帶的學(xué)生在高考中通過相關(guān)專業(yè)考試。

為保證藝體特色班生源的數(shù)量和質(zhì)量，學(xué)校制定優(yōu)惠政策，將市區(qū)初中有藝體特長(zhǎng)的學(xué)生吸引到市三中來(lái)。

經(jīng)過幾年的努力，藝體特色班的教學(xué)水平顯著提高，錄取藝體高校的人數(shù)逐年增加：1998年12名，1999年15名，2000年25名。

合作聯(lián)辦 優(yōu)勢(shì)互補(bǔ)。市三中在職業(yè)教育的專業(yè)設(shè)置方面，依據(jù)自身?xiàng)l件，設(shè)有財(cái)會(huì)、市場(chǎng)營(yíng)銷、工藝美術(shù)等專業(yè)。學(xué)校利用校辦廠的儀器設(shè)備和技術(shù)力量，創(chuàng)設(shè)了“微機(jī)應(yīng)用與維修”的名牌專業(yè)。

市三中是普通中學(xué)的“底子”，盡管也引進(jìn)了財(cái)會(huì)、計(jì)算機(jī)等數(shù)位專業(yè)教師，向大中專院校聘請(qǐng)了部分兼職專業(yè)教師，為工藝美術(shù)等專業(yè)添置了若干器材設(shè)備，但總的來(lái)說(shuō)職教的師資、設(shè)施相對(duì)薄弱，為提高辦學(xué)檔次，市三中與本市實(shí)力較強(qiáng)的省屬中專南通河運(yùn)學(xué)校（現(xiàn)航運(yùn)技術(shù)學(xué)院）、南通供銷學(xué)校合作：市三中幫助兩校解決擴(kuò)招后校舍不足，高中文化課教師緊缺的困難；兩中專校則按照市三中職專部的需要，派出相關(guān)專業(yè)的教師前來(lái)授課，并向市三中學(xué)生開放專業(yè)實(shí)驗(yàn)室，安排生產(chǎn)實(shí)習(xí)基地。這樣雙方優(yōu)勢(shì)互補(bǔ)，收到良好的效果。

市三中與南通河運(yùn)學(xué)校的聯(lián)辦，從94年開始，河校每年有2—3個(gè)班學(xué)生在市三中學(xué)習(xí)和生活。河運(yùn)學(xué)校先后派出多名專業(yè)教師在市三中職專部兼課任教。至1999年，這種合作方式停止，歷時(shí)5年。

職業(yè)中專班的基礎(chǔ)文化課使用普通高中教材，職業(yè)高中班的文化課使用省編的職高教材。另?yè)?jù)要求開設(shè)相關(guān)的專業(yè)課和技能課。專業(yè)教師大部分外聘。

各專業(yè)課任課教師一覽表（1993年——1998年）

普職滲透 多種選擇。市三中的高中班級(jí)在實(shí)行“二一分段，高三分流”的同時(shí)，在普高各年級(jí)有選擇的開設(shè)勞技課，設(shè)有制圖、微機(jī)、縫紉、工藝美術(shù)、電工等專業(yè)，讓學(xué)生選修，學(xué)校聘請(qǐng)了有專長(zhǎng)的校內(nèi)老師如姚錟、劉紅旗、張旭陽(yáng)等及校外專業(yè)人士作指導(dǎo)，定期舉辦技能競(jìng)賽、作品展覽等活動(dòng)，讓學(xué)生展示各自的才藝，加強(qiáng)了職業(yè)教育向普通高中滲透的力度。

對(duì)于強(qiáng)烈要求升入高校深造的職專生，為打通從職專到高校的通道，市三中作了以下努力：

① 為部分職專生課余補(bǔ)習(xí)普通高中和大專的文化課程，讓其在籍參加自學(xué)考試或準(zhǔn)備以后參加成人高考，實(shí)現(xiàn)與高等教育接軌。截止2002年，市三中先后有70多名學(xué)生報(bào)名參加高教自學(xué)考試，成績(jī)最好的學(xué)生，在校期間就已通過12門中的9門，有6名學(xué)生畢業(yè)后僅一年，就通過全部自學(xué)考試項(xiàng)目，取得大專文憑。

② 1998年，省教委批準(zhǔn)南通市三中職業(yè)班的學(xué)生通過普通高中文化課程的學(xué)習(xí)，可同時(shí)獲得職業(yè)中專(職業(yè)高中)和普通高中“雙學(xué)歷”。實(shí)現(xiàn)了市三中校內(nèi)普、職學(xué)籍有序流動(dòng)。從99級(jí)到06級(jí)的8年間，從職高轉(zhuǎn)到普高的人數(shù)達(dá)到1084人，從普高轉(zhuǎn)到職高的人數(shù)也達(dá)422人。

隨著高校招生制度的不斷改革，各高校專業(yè)對(duì)口單招為職高生進(jìn)入高校打開了更直接的通道。

市三中97屆職專部工藝美術(shù)班有12名學(xué)生，參加了當(dāng)年普通高校藝術(shù)系對(duì)口招生考試，11人被錄取。財(cái)會(huì)班有沈霞等5人被錄取，計(jì)算機(jī)應(yīng)用班有沈璐等3人被錄取。

1996―2000年市三中職專部的畢業(yè)生中，約有200人通過成人高考進(jìn)入高校深造。

市三中兼辦職教之后，蔡慎初老師任分管職教的教導(dǎo)處副主任，具體負(fù)責(zé)全校職業(yè)班的管理，直至2002年退休。

科研探索 理論建樹。為了進(jìn)一步探索市三中的辦學(xué)之路，1994年秋，市三中的領(lǐng)導(dǎo)從市教科所了解到世界上教育發(fā)達(dá)國(guó)家和我國(guó)臺(tái)灣地區(qū)現(xiàn)代綜合高中辦學(xué)模式，深受啟發(fā)，感到目前我國(guó)初中畢業(yè)簡(jiǎn)單兩分(或進(jìn)高中，直奔高考；或進(jìn)職業(yè)學(xué)校，專學(xué)某種實(shí)用技能)確有弊病。綜合高中模式可讓學(xué)生在高中階段發(fā)揮個(gè)性和潛能，通過嘗試和選擇，找到適合自己的發(fā)展方向。這更具人性化，也更合理。1995年春，在南通市教科所的大力支持下，市三中結(jié)合多元辦學(xué)的實(shí)踐申報(bào)了關(guān)于“綜合高中實(shí)驗(yàn)研究”的課題，先后列為市級(jí)教育科研重點(diǎn)項(xiàng)目和江蘇省“九五”教育科學(xué)重點(diǎn)規(guī)劃項(xiàng)目，開始了由普通高中轉(zhuǎn)型為綜合高中的整體實(shí)驗(yàn)。

《綜合高中實(shí)驗(yàn)研究》是一個(gè)涉及面很深很廣的科研課題，設(shè)有九個(gè)子課題。市三中的干部教師振奮精神，積極參與。時(shí)任市教科所所長(zhǎng)的陳家頤(曾掛職市三中任副校長(zhǎng)，對(duì)市三中情況熟悉)鼎力相助，并牽線上海教育科學(xué)院與市三中合作，以市三中作為上海教科院“綜合高中”課題研究的實(shí)驗(yàn)基地，有力推動(dòng)此項(xiàng)課題研究的開展。

該課題的研究，從1995年啟動(dòng)，于2001年基本完成?！毒C合高中：實(shí)現(xiàn)中等教育培養(yǎng)目標(biāo)的理想辦學(xué)模式》、《綜合高中：我國(guó)中等教育制度變革的現(xiàn)實(shí)選擇》等9篇論文于1998年～2000年陸續(xù)在《江蘇教育學(xué)院報(bào)》、《教育探索》等省級(jí)教育雜志發(fā)表。該課題于2001年順利結(jié)題，通過驗(yàn)收。省教育科學(xué)規(guī)劃辦公室給予了高度的評(píng)價(jià)：“該課題立意很高，具有重大的理論與實(shí)踐價(jià)值，課題極具先導(dǎo)性開創(chuàng)性價(jià)值”，“課題研究成果豐厚”，“在同類研究中達(dá)到了領(lǐng)先水平”。

2000年，市三中申報(bào)省級(jí)綜合高中示范學(xué)校獲得成功。

2002年，市三中通過了國(guó)家級(jí)綜合高中示范校的評(píng)審，成為國(guó)家確認(rèn)的新型辦學(xué)模式的代表，在中學(xué)教育界獨(dú)樹一幟。

2001—2003年，全校教師在各級(jí)報(bào)刊、雜志發(fā)表或獲獎(jiǎng)的教學(xué)論文200多篇，教科研氣氛日趨濃厚。

2002年，市三中增掛“南通市田家炳實(shí)驗(yàn)中學(xué)”校牌，設(shè)立“田家炳獎(jiǎng)學(xué)金”，獎(jiǎng)學(xué)助學(xué)，田家炳先生并為校園建設(shè)捐款。

高校擴(kuò)招 模式再轉(zhuǎn)。進(jìn)入新世紀(jì)后，國(guó)家決定高校擴(kuò)招，普通高中很快“熱”了起來(lái)，普高規(guī)模迅速擴(kuò)張，職教生源相應(yīng)減少。三中的辦學(xué)規(guī)模從90年代末的30個(gè)班，到2003年增至56個(gè)班，學(xué)生人數(shù)達(dá)到2773人。普高的班級(jí)數(shù)和人數(shù)明顯超過了職業(yè)中專。2007年省里對(duì)口單招政策調(diào)整，本科招生數(shù)明顯減少，“綜合高中”的“普職雙向流通”由“普”到“職”的流通相應(yīng)減少，辦學(xué)模式的運(yùn)作遇到了新的課題，學(xué)校開始了新的思考和探索。自2002年起，為適應(yīng)學(xué)生和家長(zhǎng)的要求，職業(yè)中專班（此時(shí)已不再招收職業(yè)高中班）一年級(jí)全部學(xué)習(xí)普通高中文化課教材，高二年級(jí)普職分流，職業(yè)中專班按有關(guān)對(duì)口招生的專業(yè)要求分班設(shè)置專業(yè)課程，學(xué)校與南通中專合作，專業(yè)課由南通中專的教師擔(dān)任，完成學(xué)業(yè)取得普高和職業(yè)中專雙學(xué)歷，參加高校對(duì)口單招考試。03—06級(jí)的職業(yè)中專畢業(yè)生，錄取高校人數(shù)達(dá)359人（其中本科占有一定比例）。

作為“國(guó)家級(jí)綜合高中示范學(xué)校”的市三中，由于學(xué)校適時(shí)對(duì)高中階段的辦學(xué)作了調(diào)整，于2003年12月被江蘇省教育廳授予“江蘇省四星級(jí)普通高中”的稱號(hào)。2007年停止職業(yè)中專班的招生，全部招收普高學(xué)生，標(biāo)志著學(xué)校的辦學(xué)模式進(jìn)入又一 個(gè)拐點(diǎn)，普通高中教育遂成主流。

國(guó)際交流 涉外辦學(xué)。市三中是首批具有江蘇省涉外辦學(xué)許可證的中學(xué)國(guó)際交流學(xué)校。

1999年江蘇省教育代表團(tuán)考察澳大利亞，與澳大利亞昆士蘭州教育部達(dá)成合作辦學(xué)的意向。省教育廳將此合作項(xiàng)目交南通落實(shí)，后確定由市三中承辦。

2000年8月，中澳合作舉辦的“昆士蘭海外十年級(jí)”項(xiàng)目正式實(shí)施。市三中開設(shè)“中澳英語(yǔ)實(shí)驗(yàn)班”，招收當(dāng)年應(yīng)屆初三畢業(yè)生，在國(guó)內(nèi)學(xué)習(xí)一年。主要學(xué)習(xí)澳大利亞昆士蘭州教育部海外十年級(jí)項(xiàng)目課程，同時(shí)開設(shè)我國(guó)高一課程。考試合格即簽證去澳大利亞昆士蘭州讀十一年級(jí)和十二年級(jí)課程。高中畢業(yè)后選考澳大利亞42所大學(xué)。

“中澳班”學(xué)生在市三中學(xué)習(xí)一年期間，開設(shè)課程：1. 澳洲課程有英語(yǔ)、數(shù)學(xué)、科學(xué)（理、化、生綜合課程）、社會(huì)學(xué)（含有史、地、人文、環(huán)境、旅游、廣告等）。這些課程使用澳國(guó)海外十年級(jí)英文版教材，并由澳洲注冊(cè)教師執(zhí)教（該“外教”由市三中聘用）。2. 校本課程有高一語(yǔ)文、數(shù)學(xué)、物理、化學(xué)、生物、電腦、歷史、體育、家政等，由市三中教師執(zhí)教。

該班采用澳洲中學(xué)的辦學(xué)模式，每班不超過25人，一年分四個(gè)學(xué)期，每學(xué)期期末考試的試卷由澳洲寄來(lái)，統(tǒng)一考試，并寄回澳洲統(tǒng)一閱卷，評(píng)定。

市三中“中澳班”赴澳留學(xué)的學(xué)生多次獲得各類獎(jiǎng)勵(lì)：如2003屆學(xué)生朱桓璟參加澳大利亞全國(guó)數(shù)學(xué)挑戰(zhàn)賽獲第3名。禮仲毓取得OP1（全澳洲的比率僅為2%）、季歐怡取得OP3的喜人成績(jī)。此二人可自選澳洲任何一所大學(xué)，任何一個(gè)專業(yè)，他們都選擇了墨爾本大學(xué)。

德育為首 全面優(yōu)化。市三中針對(duì)學(xué)生多樣化、多層次的特點(diǎn)，遵循“崇德博學(xué)”的校訓(xùn)，堅(jiān)持把德育工作放在第一位，開創(chuàng)了以“五愛”為主線，養(yǎng)成教育為主體，學(xué)會(huì)做人為目標(biāo)，感情教育為切入口，課程結(jié)構(gòu)為主陣地的有特色的德育工作，取得了顯著的成績(jī)。校風(fēng)校紀(jì)、校容校貌發(fā)生了巨大的變化。學(xué)校受到一系列的表彰和獎(jiǎng)勵(lì)：1988—2002年，連續(xù)14年蟬聯(lián)市文明單位；2000—2002年的三年間，在德育方面獲省市榮譽(yù)稱號(hào)二十多項(xiàng)，包括：省文明單位、省德育先進(jìn)學(xué)校、省青少年法制宣傳教育工作先進(jìn)集體、省“紅十字”先進(jìn)集體、省“二五”普法先進(jìn)單位、省讀書教育活動(dòng)先進(jìn)集體、省中小學(xué)愛國(guó)主義教育系列活動(dòng)優(yōu)秀組織獎(jiǎng)、省招飛先進(jìn)集體等。

這一時(shí)期，學(xué)校體育工作、校園建設(shè)、財(cái)務(wù)后勤、群團(tuán)組織、文檔管理等等，都受到表彰和獎(jiǎng)勵(lì)，先后獲得市教育財(cái)會(huì)先進(jìn)集體、市校舍管理先進(jìn)單位、省園林式單位、市“十佳建筑”、市事業(yè)單位管理先進(jìn)集體、市安全文明校園、區(qū)愛國(guó)衛(wèi)生先進(jìn)單位等等榮譽(yù)稱號(hào)。

校辦工廠 停止運(yùn)轉(zhuǎn)。八十年代末至九十年代初，由于國(guó)家有關(guān)政策的調(diào)整，經(jīng)濟(jì)環(huán)境發(fā)生變化，市三中校辦企業(yè)在市場(chǎng)風(fēng)浪中所行舉措未達(dá)預(yù)期，1989年辦電視機(jī)深圳分廠，由電視機(jī)二廠徐永塘、林剛強(qiáng)二廠長(zhǎng)輪流赴深主持，生產(chǎn)“丹尼福根”牌彩電，貼牌黑白電視機(jī)等，進(jìn)行出口貿(mào)易，運(yùn)作三年后難以為繼，于1993年停產(chǎn)撤回。與此同時(shí)，校內(nèi)廠部開發(fā)電子琴等新產(chǎn)品，未能形成量產(chǎn)和效益，致使電視機(jī)二廠債臺(tái)高筑，陷入危機(jī)。1993年下半年經(jīng)過整合重組，將主要廠房和設(shè)備租賃給永年公司生產(chǎn)出口彩電，大部分校辦廠職工的勞動(dòng)關(guān)系無(wú)縫對(duì)接，轉(zhuǎn)了過去。留下的職工在高保強(qiáng)副校長(zhǎng)的帶領(lǐng)下，開發(fā)電腦顯示器及電腦主機(jī)等產(chǎn)品，順利進(jìn)入量產(chǎn)后，于1995年成立“南通福思達(dá)電器公司”，所產(chǎn)“福思達(dá)”牌電腦經(jīng)國(guó)家電子工業(yè)部檢測(cè)合格，獲生產(chǎn)許可證。該企業(yè)作為南通市教育系統(tǒng)計(jì)算機(jī)教室、多媒體教學(xué)設(shè)備供應(yīng)商，為本市教育現(xiàn)代化作出了貢獻(xiàn)。

市三中另一校辦廠——原南通元件十六廠，九十年代初由生產(chǎn)膠木旋鈕、包裝塑料等轉(zhuǎn)產(chǎn)電磁鐵（機(jī)床開關(guān)柜、大廈及礦山的防火閥用），更廠名為南通市機(jī)床電器廠。1994年起由王源基廠長(zhǎng)等四人承包經(jīng)營(yíng)，在1994年~1996年間，年產(chǎn)值約200萬(wàn)元，利潤(rùn)近20萬(wàn)元，成為校園經(jīng)濟(jì)較穩(wěn)定的一塊。

1995年5月，永年公司歇業(yè)撤出。1996年8月，因受南通電視機(jī)廠火災(zāi)損失的牽連，市三中的電視機(jī)二廠宣告破產(chǎn)，變賣設(shè)備、汽車等資產(chǎn)，清償債務(wù)。

1999年，福思達(dá)公司經(jīng)營(yíng)困難，終至停業(yè)。職工按國(guó)家勞動(dòng)部門的規(guī)定，辦理勞動(dòng)保險(xiǎn)，并作解約賠償。

2000年5月，機(jī)床電器廠也因效益不佳而停業(yè)。校方將工廠設(shè)備折價(jià)十多萬(wàn)元作為清退職工的賠償款，依法解除30多人的勞動(dòng)合同。

市三中的校辦廠，自1958年算起，約存在了40年，如從大發(fā)展的八十年代算起，也有近三十年的歷史，曾有過輝煌，也經(jīng)歷了諸多坎坷。

校園建設(shè) 整體改觀。這一時(shí)期，市政府對(duì)市三中的校園建設(shè)作了重點(diǎn)持續(xù)的投入。校內(nèi)50~70年代的危舊校舍分期拆除，按照現(xiàn)代化、園林化的要求進(jìn)行規(guī)劃，重建了一個(gè)新三中。

1993年拆除原二層（16個(gè)教室）的教學(xué)樓，分兩期翻建了五層教學(xué)樓一幢，1995年8月，二期竣工，交付使用。冠名 “求是樓”。底層為自行車庫(kù)。1-5層共有30個(gè)教室，一個(gè)合班教室，5個(gè)教師休息室。

1995年5月，在操場(chǎng)西北角建成音樂樓一座，內(nèi)設(shè)音樂教室，琴室及舞蹈教室，并與1996年建成的體育辦公、器械樓相連，成為今之“聆韻樓”。

1998年3月，拆除鄰近教學(xué)區(qū)的校辦廠用房，翻建四層科技樓一幢、1998年11月竣工，交付使用。冠名“宏宇樓”。內(nèi)設(shè)理、化、生各科實(shí)驗(yàn)室7個(gè)，語(yǔ)音及計(jì)算機(jī)專用教室4個(gè)，階梯教室兼電化教室1個(gè)。結(jié)束了三中沒有專用教室的歷史。

2000年，中澳樓、學(xué)生公寓樓、大餐廳先后建成，學(xué)校各項(xiàng)功能設(shè)施得到完善。

2002年，香港著名慈善家田家炳先生，為市三中翻建六層辦公及圖書館綜合樓捐贈(zèng)人民幣250萬(wàn)元（約占工程款的30%）。1952年建校時(shí)建的二層磚木結(jié)構(gòu)辦公樓，在使用50年后被拆除。新建的綜合樓于2004年建成投入使用。

在此期間，各教學(xué)樓之間、大道兩側(cè)、沿校內(nèi)河道先后建造了藤架、四方亭、噴水池、雕塑、花壇、宣傳畫廊、石駁河岸、曲橋、欄桿、燈飾等多處景點(diǎn)。南北大門進(jìn)行了改造。

至此，市三中校舍建筑總面積達(dá)32753.71平方米（為1954年的11倍），校園綠化和景點(diǎn)面積達(dá)29806平方米。先后被評(píng)為“南通市十佳校園”、“江蘇省園林式先進(jìn)單位”。

1993~2003年期間擔(dān)任校級(jí)主要負(fù)責(zé)人的先后有：校長(zhǎng)劉鳳池、施偉（后兼書記）及班子成員：趙建輝、高保強(qiáng)、顧洪斌、丁揚(yáng)銘、周榮廣、陳育斌、翁德和、嚴(yán)俊、楊小凡、陸梅蘭。田家炳任名譽(yù)校長(zhǎng)。