“十五”期間，由于新生人口逐年減少，流動人口不斷增加,全國中小學的調(diào)整合并加快進行，多種因素造成的校際教育失衡和城鄉(xiāng)教育失衡廣受質(zhì)疑，南通地區(qū)在幾年間中小學數(shù)已由四千多所整合為八百多所。均衡發(fā)展成為教育發(fā)展的一條重要原則。唯有均衡發(fā)展才能使最廣大人民群眾的子女都能沐浴現(xiàn)代教育的惠澤。

受擇校熱的持續(xù)影響，市三中初中部生源不斷減少，05年秋季開學時，僅有367人，而地處東郊的師院附中隨著周圍居民結(jié)構(gòu)發(fā)生變化，在諸多因素影響下生源也明顯不足。2006年4月，根據(jù)市區(qū)教育布局調(diào)整的需要，南通市教育局發(fā)文明確師院附中與市三中合并，成立新的市三中，師院附中整體搬入市三中校園，原址置換給南通師范學校。5月8日召開了首次兩校辦公會成員聯(lián)席會議。局領導到會宣講了有關(guān)政策規(guī)定，爾后新的市三中領導班子開始運作（班子成員：校長顧宙，書記羅飛，副校長劉曉紅、何慶章、顧剛強，副書記徐婷）。暑假期間，師院附中的搬遷工作如期完成。2006年新學年開始時，新的市三中班級數(shù)由63個增至74個，學生數(shù)由2675人增至3200余人，在職教職工人數(shù)由214名增至309名，由于工作部署周密細致，教育教學秩序井然，兩校師生順利融合。合并后學校規(guī)模擴大，教育資源優(yōu)化，師資結(jié)構(gòu)更趨合理，辦學力量明顯增強，初中施教區(qū)域向東延展，高中藝術(shù)特色教育實力加強，新的市三中迎來了新的發(fā)展機遇期。

 研究高考，全面提升質(zhì)量。高校擴招對普高辦學的影響在這一時期充分顯現(xiàn)。三中的普高規(guī)模持續(xù)擴大，2006年與附中合并之前，初中部學生僅367人，8個班，而高中部達2308人，55個班，其中普高各年級均達14—16個班。幾年間，高考錄取率屢創(chuàng)新高，其中本二以上錄取人數(shù)為58人，藝體本科錄取人數(shù)為42人，這在三中歷史上是不多見的。

普高持續(xù)升溫對高中文化課的教學提出更高的要求，針對高考改革的新形勢，結(jié)合新課程改革的推進，學校高度重視高中各科教學的研究和指導，并進一步規(guī)范高中各年級的管理。鑒于江蘇省的高考模式從2000年開始變化頻繁（從3+小綜合，到3+大綜合，到3+2的文理兼報，再到3+2的文理分開，采用等級制等等），學校及時應對高考模式的變化，每屆高三均成立了高考研究小組，積極開展活動，收集信息，分析研討，適時調(diào)整辦學策略和教學重點。由于認識充分，措施落實，應對得當，這一時期學校高中教學質(zhì)量明顯提升，得到市局主管部門的充分肯定。

強化管理，走內(nèi)涵發(fā)展道路。兩校合并前后，市三中的領導和教師清醒地認識到：學校規(guī)模擴大，并不等于實力的增強，只有進一步強化管理，走內(nèi)涵發(fā)展的道路，不斷提高教育質(zhì)量和辦學水平，才能真正實現(xiàn)學校品質(zhì)的提升。這一階段，學校在教學管理上認真扎實地堅持如下做法：

1．堅持聽課評課。學校每周都安排中層及以上干部聽相關(guān)學科的隨堂課，側(cè)重對課堂教學有效性的調(diào)研，要求聽課者及時與教師交流，提出明確而中肯的意見、建議，并填寫聽課評議表交校長室，作為教師教學業(yè)務考核的依據(jù)，學校定期對聽課情況進行交流。

2．堅持備課筆記和作業(yè)批改的檢查。學校每學期的期中和期末，安排中層及以上干部協(xié)助相關(guān)學科組長對教師的備課筆記和作業(yè)批改情況進行檢查，備課筆記除看其相關(guān)備課要素外，側(cè)重了解教師對新課改中研究性學習和學生自主學習的落實，學生作業(yè)除了解數(shù)量是否適度，更側(cè)重了解作業(yè)內(nèi)容的選擇和形式的變換及教師批改情況，并給予評價，優(yōu)者全校給予表彰和展覽。

3．堅持青年教師教學競賽活動。這一活動在內(nèi)容和形式上不斷創(chuàng)新，由最初的課堂教學競賽，發(fā)展為先期的論文寫作、基本功演練、說課等，并在學科廣泛發(fā)動，預賽推薦的基礎上，再進行全校的競賽，評出教學能手和標兵，整個活動成為各學科開展教研的過程。

另外，在考試質(zhì)量分析、學科教研活動等方面均形成特色。2006年上半年，為落實學校提出的“建設書香校園，實施全人教育”的倡議，舉行了持續(xù)三周的“語文周”教研活動，展示了學校的教研成果，鍛煉了教師隊伍，凝聚了課改的力量，在市區(qū)學校中產(chǎn)生較大影響。

上述舉措似并無新意，但貴在堅持，重在過程的落實和落實的過程，這些做法在附中合并和與通中聯(lián)合辦學后仍得以堅持，并逐步成為三中常規(guī)性的教學活動，產(chǎn)生了良好的效果，它對學校領導了解一線教學實情，適時調(diào)整教學管理策略，及促使教師落實教學六認真，參與教科研活動發(fā)揮了積極作用，學校教學管理在規(guī)范化、精細化上上了一個臺階，在教育局連續(xù)多年的質(zhì)量考核中，學校均超額完成任務。

鍛造隊伍，促良師脫穎而出。針對兩所不同學校背景的教師走到一起的現(xiàn)實，學校更加重視隊伍的鍛造，通過各類教研活動，包括學科備課、比賽觀摩、講座研討及各類培訓進修，加速兩校教師間的學習、溝通和融合。這一時期，市三中的師資質(zhì)量明顯提高，教學水平和師德修養(yǎng)均有良好表現(xiàn)。2004—2006年間有201篇文章發(fā)表于省級以上刊物，18人獲大市以上各類獎勵，20余人進入學科帶頭人、教學骨干、教壇新秀的行列，其中陸曉蔚老師在2006年的優(yōu)秀體育課評選中獲大市一等獎、省一等獎，并在第二屆全國中小學體育教學觀摩展示活動中獲全國二等獎。張弛老師成為學校首個取得研究生學歷和碩士學位的青年教師。

語文學科的陸精康老師，多年潛心中學語文教學和相關(guān)文史知識的研究。至2006年，已在省級以上各語文專業(yè)刊物上發(fā)表文章近400篇（至2009年1月他退休時，已逾500篇）。在中學語文界被稱為“學者型中學語文教師”。

化學學科的朱愛美老師，曾連續(xù)十多年擔任班主任，深受學生尊敬和信賴，所帶班級年年被評為文明班級。她授課班級的中考、高考成績突出，且?guī)ьI化學學科團隊取得超省、市均分的好成績。她多次指導高二學生參加省市化學競賽，先后有11人次獲獎，其中省二等獎2人，省三等獎4人。2003年發(fā)表的《研究型學習在化學教學中的嘗試》被評為當年江蘇省化學學會論文一等獎。

朱愛美老師兩次被市教委榮記三等功，2005年被評為市直中學“學科帶頭人”，2006年被評為省師德典型及市優(yōu)秀教師。她的事跡曾在市教育工作會議上作為典型予以推介。